苏联决定在古巴部署中程导弹，提供伊尔-28喷气轰炸机，于7月开始实施。苏联把运往古巴的货物改由苏联船只运送，将几十枚导弹和几十架飞机拆开装到集装箱里运往古巴。同时，3500名军事技术人员也陆续乘船前往。每一枚导弹都携带一个威力比在广岛的原子弹大20或30倍的核弹头。经过伪装的第一批武器是在7月下旬用商船运抵古巴的。

　　直到1962年9月2日，苏联才公开宣布，根据苏古两国达成的协议，苏联将向古巴供应武器和提供技术专家。此时，苏联的武器和专家的运输计划已基本完成，部署工作已近尾声。

　　苏联一直否认

　　在此期间，苏联在公开场合一直否认在古巴拥有任何进攻武器。赫鲁晓夫在给肯尼迪的信中表示：苏联不需要为了击败侵略，为了进行报复性的打击而将自己的武器转移到其他任何国家，例如古巴。赫鲁晓夫并且保证，在11月美国国会选举前，他不会挑起任何事件。一周以后，苏联政*府发表了一个声明，特别提到征召后备役军人以及美国对苏联向古巴进行海运而引起的惊恐问题。声明说，苏联的船只是装运“给古巴人民日用品和食物”号，但是，接着又承认：“由于侵略成性的帝国主义集团的威胁，应古巴政*府的请求，还装载着一定数量的武器，以及训练古巴人使用现代化武器的军事技术专家和技术人员。”声明继续说：“……我们的核武器爆炸力如此强大，而苏联又拥有如此强大的火箭来运载这些核弹头，以致没有必要在苏联疆土之外寻找发射核武器的场所。……苏联有可能从它自己的国土上支援任何爱好和平的国家，不仅是古巴。”

　　被发现

　　1962年8月，美国发现了苏联设在古巴的导弹发射场。

　　1962年10月15日，他们认出了一座发射台、许多发射弹道导弹的建筑物，一枚中程弹道导弹。在修建射程为2000英里的中远程弹道导弹使用的坚固的永久基地。而且，美国鉴定专家确信，发射装置上安装的是导弹核武器。

　　1962年10月16日，约翰·肯尼迪总统才得到上述情况的汇报。他对赫鲁晓夫欺骗他的行为非常恼怒，并立刻意识到这件事关系重大。他没有料到苏联人在古巴这样一个地方会采取如此轻率和冒险的行动，没有料到转眼之间古巴戏剧性地拥有了在西半球仅次于美国的最大的、装备最好的军事力量。肯尼迪感到，苏联导弹造成了一种严重的威胁，要是不猛烈回击，那就会有损他的政*府在国内外的形象，激起公众对他的不信任，并使美国如芒在背。肯尼迪决定，要使苏联明白美国不惜一战的决心。

　　海上封锁，美国态度强硬

　　1962年10月22日晚上7点，肯尼迪向美国和全世界发表广播讲话，通告了苏联在古巴部署核导弹的事实,宣布武装封锁古巴，要求苏联在联合国的监督下撤走已经部署在古巴的进攻性武器。

　　约翰·肯尼迪认为这一“秘密、迅速和异乎寻常的导弹设施”是“蓄意的挑衅和对现状作出的毫无道理的改变，是美国不能接受的”。约翰·肯尼迪总统又以强调的语气列举了美国即将采取的海上“隔离等初步措施”。他在演说中用“隔离”一词代替了“封锁”，认为这个词比“封锁”火药味较少，比较适用于和平、自卫的行动。然而，婉转的言词并没有减弱行动的火药味。封锁命令一下达，美国地面、空中和两栖作战部队即开始集中。此外，还调集出兵古巴所需要的军需物资，开始采取保护美国免遭核袭击的种种预防措施。美国在世界各地的军队也进入戒备状态。美国总统下令，载有核弹头的美国轰炸机进入古巴周围的上空。