于是，美国招募古巴流亡分子训练，在危地马拉成立了古巴旅，想借此武装侵略古巴，重新在古巴建立有利于美国的政权。得到肯尼迪首肯后，流亡者军队在美军帮助下，于１９６１年４月１５日在古巴猪湾登陆，准备重新夺回政权。

　　然而，卡斯特罗政权得到了苏联的援助，不仅在经济上加强联系，还在军事上提供军火、军事顾问及培训飞行员等，古巴仅用三天就很快平息了叛乱。

　　此事让美国肯尼迪政*府脸上无光，国际威信严重受损，又受到国内激进人士的责难。于是，美国又开始计划代号“猫鼬行动”的秘密战，目的是策动推翻卡斯特罗政权的起义，而美国将动用美军驰援。除此，美国还加紧完善早就制定的由美军直接入侵古巴的各项计划，还于1962年春在加勒比海进行了几次具有针对性的大规模演习。美古关系更加恶化。

　　而此时的赫鲁晓夫，确信肯尼迪会在苏联的压力下垂首帖耳，认为只有得到苏联政*府的帮助，古巴才能防御美国的再次侵略。

　　除经济援助、政治支持外，苏联也在全面提高古巴的军事防御能力。１９６２年４月１２日，苏联向其提供１８０枚ＳＡ－２地空导弹，加强古巴防空能力，外加一个巡航导弹群，加强其海岸防御。

　　不过苏联也知道，提供的这些一般性武器，古巴还是无法抵抗美军的真正的大规模入侵。于是，赫鲁晓夫产生了在古巴部署核导弹的想法。１９６１年７月，苏古双方达成布署核导弹的秘密协定。次年１月，第一批核导弹秘密运抵古巴，１０月中旬完成部署。

　　在对古巴施压的同时，美国一直密切关注古巴与苏联的关系，特别是双方军事关系的发展。

　　为了对古巴进行空中侦察，美国出动了U-2侦察机，并于1962年10月14日拍摄到首个中程弹道导弹发射场。后经确认，这是古巴正在圣克利斯托瓦尔地区修建3个导弹发射场。随后，U-2又发现两个导弹发射场，并在圣胡利安机场发现装运伊尔--28中程轰炸机的板条箱。

　　肯尼迪总统得知后，十分震惊，认为必须制止苏联在美国家门口部署核导弹的行动。接着，他指定一个包括副总统和国务院、国防部、中央情报局、司法部、财政部等部门的重要官员在内的专门小组，以国家安全委员会执行委员会的名义秘密研究对策。经过多方权衡利弊，执委会多数人同意：对古巴进行海上封锁，实行军火禁运，并加强空中监视和警告。

　　同年10月20日，美国决定对古巴实施封锁。

　　两天后，美国政*府政*府将封锁的决定向苏联驻美大使进行了通告。肯尼迪发表电视讲话，指出：古巴修建的导弹基地可以击中西半球的多数城市，构成“对所有美洲国家的和平与安全的明显威胁”。苏联在古巴的“秘密，迅速和不同寻常的集结”是“出于预谋的挑衅性地，不正当地改变现状的行动”，这是美国所不能接受的。强烈呼吁赫鲁晓夫“停止和取消对世界和平和我们两国稳定关系的这种秘密鲁莽并富有挑衅气味的威胁”，要求苏联放弃世界霸权计划，结束军备竞赛，并将导弹从古巴撤离，保持冷静克制。