2014年，当巴西环境部更新濒危物种国家官方名单时，估计有1,173种动物受到威胁，318种濒临灭绝，406种处于危险中，448种易受伤害。该部还表示，其中一个主要威胁是“由于农业扩张造成的栖息地丧失”。

　　根据国际自然保护联盟的濒危物种红色名录，美洲虎“近乎受到威胁”。

　　巨型水獭，鱼类和其他水生生物受到威胁受影响的物种不仅限于陆生动物;亚马逊的水生物种在火灾中也处于危险之中。这条巨型河獭已经受到栖息地破坏和非法狩猎的压力，火灾也威胁到鱼类，鱼类是巨型河獭饮食的一大部分。

　　沙利文表示，亚马逊有超过3000种鱼类，其中许多鱼类的栖息地和食物资源都非常专业化，火灾对水化学和水温的影响可能会产生严重影响。

　　当树木燃烧时，灰烬就会产生，并随着沉积物进入水体。巴西马瑙斯国家亚马逊研究所的高级研究员威廉马格努森告诉美国有线电视新闻网，由于焚烧的地区侵蚀率很高，溪流和河流受到影响。随着森林的燃烧，水生环境对太阳开放，水温升高，影响无法应对环境变化的鱼类。

　　“亚马逊地区几百平方公里的鱼类数量超过了整个澳大利亚，”马格努森说。“今年你可能看不到这么多，但几年后，你会看到这种切割和燃烧对水生动物的影响。”

　　“你可以改变鱼的溶解氧量，”沙利文说，并解释说火灾可以改变亚马逊水的化学成分。增加的侵蚀和沉积，改变的养分，水温和溶解氧可以改变水的化学性质，这可能对水生生物产生深远的影响。

　　过量的营养素会导致藻类生长增加，当藻类死亡和分解时，它会使用氧气并降低水中溶解氧的含量。当由于较少的阴影而增加水温时，它会降低水的容纳氧气的能力。

　　两栖动物也特别容易受到影响。它们不能移动得非常快，它们的皮肤是渗透性的，对毒素及其环境和水的变化敏感。青蛙等两栖动物也可以作为大型动物的猎物，因此它们的损失也可能危及食物链上游的大型动物。

　　沙利文警告说，这种变化可能会长期产生连锁反应，并最终改变我们在热带雨林中看到的动物种类。“这些火灾将对更广泛的生态系统产生巨大影响，”他说。