此前，登山队已经由全国总工会划归国家体委。这次进藏前，体委任命了史占春担任中苏联合登山队队长、中国队队长，许竞任登山队中国队副队长。两人从中国第一支登山队成立时起，就都是骨干人员。

　　1959年2月4日，当翁庆章随两人及最后一批登山装备、食品抵达拉萨当雄机场时，二次进藏的他立刻感觉到当地的局势比起1958年底紧张了许多：上一次护送侦察组时，西藏军区只派了一个班十来个战士，这一次却是两辆装甲车一前一后护着他们的小车队。询问之后才知道，原来拉萨附近的匪情加剧了，以贡布扎西为首的武装叛匪，经常毁坏桥梁，伏击汽车，对拉萨到林芝以及通往山南的交通造成了严重障碍。

　　翁庆章告诉记者，原本，登山队每天在拉萨进行越野长跑等体能训练，还到附近山区训练运动员对高山恶劣自然条件的适应能力和冰雪作业技能。由于时局趋紧，体能训练改在拉萨市内的军区大院内进行，运动员在念青唐古拉山区的野外训练也匆匆结束。

　　不久，为应对紧张的局势，西藏工委指示，拉萨市内的干部职工共同成立民兵团。100多人的登山队纪律严明，且早就经过射击训练，连武器配备都是现成的，特殊的局势下，登山队伍很快变成了颇具战斗力的民兵连，每天同时进行体能训练和军事训练。

　　翁庆章回忆说，当时登山队住在布达拉宫附近的交际处，后门距离军区大门大约八九十米，进入3月初，山雨欲来风满楼，他们还用了好几天时间，挖了一条通往军区大院的地下交通壕，队员们日夜轮流站岗巡逻，完全是战备状态。中央新闻电影制片厂随登山队进藏的摄影师沈杰那时也在拉萨，后来他在《我的足迹》一书中这样写道：“拉萨各机关干部白天夜里都在修筑防御工事准备自卫，拉萨街头和公路上已经看不到我们的车辆，拉萨好像是叛匪的天下了。”

　　果然，3月10日，西藏上层反动分子公开发动叛乱，叛匪们明目张胆地包围西藏工委和军区机关。3月20日凌晨，拉萨武装叛乱的枪声响起，上午10时，解放军开始全面反击。激烈的枪炮声中，一颗炮弹落在了登山队所在的交际处大门口，炸伤了一名解放军机枪手，翁庆章和其他几个登山队员赶紧抬着担架去救伤员。“抬着担架穿过大约两个篮球场长度的院子，只听得子弹在头顶呼啸而过，别的什么也管不了……”今年已经88岁的翁庆章，至今仍觉得难以置信，致力于攀登珠穆朗玛高峰的国家登山队，竟然亲历了一场平叛斗争。

　　3月22日，占据布达拉宫的叛乱分子投降，解放军进入布达拉宫。由于解放军驻拉萨的人数有限，登山队民兵连还承担起了搜索布达拉宫和押运俘虏的任务。直到4月初，考虑到合登珠峰的任务还要继续，史占春队长宣布，登山队大部分人员离开拉萨转到新疆训练。

　　与此同时，中央不得不通知苏联方面，为了运动员的安全，建议中苏联合攀登珠峰活动暂缓，一旦问题得到解决，立即恢复登山。按照预定计划，苏方队员将于3月下旬在拉萨与中方会合。苏联运动健将、苏方队员之一菲里莫洛夫曾在1991年撰文回忆：“原定1959年3月22日乘专机，苏联登山队一行及物资由莫斯科飞北京。就在动身的前一天，苏体委紧急通知……任务取消，原因未说……”已经整装待发、踌躇满志的苏联运动员们顿时一片惊愕，失望不已。几天后，他们看到中国西藏的新闻，才明白个中缘由。